针对河南村镇银行储户称南京银行为结算行一事，7月13日深夜，南京银行官网发布《商业银行代理村镇银行资金清算业务说明》（下称《说明》）进行了回应，称其“只作为资金清算通道，不承担资金风险”。
《说明》显示，村镇银行的资金清算都是通过有清算资格的商业银行代理的。商业银行代理村镇银行清算是根据《中国人民银行关于改善农村地区支付服务环境的指导意见》和《支付结算业务代理办法》规定依法合规开展，是一项常规的代理业务。在代理清算过程中，作为代理清算行的商业银行，负责清算指令的接收和按指令收付资金工作，只与被代理行和人民银行发生清算关系。
《说明》举例称，比如，汇款人要将其在A银行的资金转给村镇银行，A银行受理后，将该笔资金转入A银行在人民银行开立的备付金账户，人民银行根据A银行的清算指令，将该笔资金转入村镇银行的代理清算行在人民银行开立的备付金账户，并通知代理清算行，代理清算行根据该指令，将该笔资金转给村镇银行。在资金转给村镇银行后，代理清算行的工作完成。
据红星新闻此前报道，有禹州新民生村镇银行的储户称，在追查钱款的流向时，发现南京银行也卷入其中。一位储户表示，其此前把多笔钱款从个人的招商银行账户转至禹州新民生村镇银行的账户。目前，这笔钱已经无法取出。
由于网络上盛传储户的钱从未入过禹州新民生村镇银行的账目，为了追查钱款的流向，该储户表示，他当时打算向招商银行提起诉讼，而招商银行方面出示了相关证据，证明钱已转出。
根据报道，招商银行方面向上述储户透露，南京银行是禹州新民生银行的结算银行，故招商银行向南京银行和禹州新民生村镇银行均发送了查复书。
上述储户提供的一份查询查复书显示，招商银行向南京银行询问：是否收到相关的3笔资金，并划转至禹州新民生村镇银行。如是，请回复具体划转时间及结果。但储户表示两家银行均迟迟未有回复。
